有香港傳媒報導指，內地國家檢疫局以防患傳播禽流感和口蹄病等疫情，禁止旅客和市民同時帶同多盒含蛋黃和肉類材料的月餅入境。其實根據《中華人民共和國禁止攜帶、郵寄進境的動植物及其產品和其他檢疫物名錄》規定，早已禁止攜帶或郵寄(生或熟)肉類、動物源性奶及奶製品進入內地境內，惟有關當局以往執法時較為寬鬆。不少水貨客被迫變陣，他們每人最多帶同兩盒月餅過關，又備有買賣收據，以證明是自用。

有指，浙江、深圳福田口岸等地已查暫扣多於200盒(多於1,500個)由香港寄來的月餅，稍後會退運回香港。另外，當局以冰皮月餅沒法在常溫儲存為由，會把查扣的該款月餅銷毀。