按規定，剛卸任的台灣總統出席境外活動前須獲在任總統批准。卸任不夠1個月的馬英九應亞洲出版業協會邀請，打算後日來港，即日回台，但被總統府以馬接觸過的機密須高度保密為由，「為求慎重」，建議總統否決其申請。來港機會落空的馬英九不滿，斥府方決定「對卸任國家元首的極不尊重，也是對台灣民主的諷刺」；社會對理由及決定自有公論。
卸任台灣總統不足1個月的馬英九獲亞洲出版業協會（SOPA）邀請，原定後日（星期三）到港會展出席卓越新聞獎頒獎典禮，期間會發表演說，據悉會談到兩岸關係及對東亞局勢的看法。民進黨蔡英文當選台灣總統後，兩岸關注蔡會否在就職演說上承認「九二共識」，最後蔡迴避「共識」，僅提及「九二會談」，相信馬英九時代修補的兩岸關係有機會在蔡英文執政下出現逆轉；蔡英文較早前亦提出「新南向政策」，有意減少對大陸的經濟依賴，與國民黨執政時的親陸政策有別。雖然馬英九重申承諾頒獎禮完成後即日回台，但民進黨執政的總統府就以馬英九任內「經管國家機密」、香港屬台灣安全高度敏感地區等4點理由，拒絕批准卸任的馬來港。
府方提出4點理由，包括馬英九經管國家機密甚巨、須高度保密；香港是維護國家安全的高度敏感地區，有關訪港風險難以管制等。台總統府發言人黃重諺更反建議馬英九改以國際視訊會議的方法發表演說，代替親自來港。
黃重諺表示，府方在今個月1日收到馬的到港申請，因其身份特殊，翌日就申請向國家安全會議、國家安全局、外交部、國防部、法務部、行政院大陸委員會6個機關諮詢意見，再經專案小組評估，經7、8日的會議，建議總統蔡英文對馬的申請案不予同意。
黃重諺否認拒絕讓馬英九來港，背後目的是阻撓他發表演說，並指馬卸任不足1個月，接觸過的機密需要高度保密，「為求慎重」，所以不同意其來港，「本案審核是基於卸任總統在國家安全上的重要性、特殊性及機密性，加上本案審核並無前例可循，為求慎重。建議總統對馬前總統的申請案，不予同意。」
計畫透過視像發表演視
未能成行的馬英九當然不滿府方的決定，其辦公室發新聞稿反駁府方理由，轟有關決定「對卸任國家元首的極不尊重，也是對台灣民主的諷刺」，強調行程全部公開透明，計畫只留港7小時，私下並無安排行程，而且不會與居港的女兒會面，批評府方另有動機，及損害台灣民主自由的國際形象。馬英九又言事件在社會上引發爭論，府方的決定及理由是否有必要及公平合理，社會自有公論。
國民黨副主席郝龍斌認為府方的理由牽強，「欲加之罪，何患無詞」，認為顯示蔡英文缺乏自信和不具善意。出面邀請馬英九的亞洲出版業協會對其不能成行表示失望，計畫如府方建議，頒獎禮當晚透過視像發表專題演講。
