美國新聞周刊（Newsweek）進行2025年亞太專科醫院評比，我國兒童院百名之內，上榜醫院共三家，台大兒童醫院排名第12，馬偕兒童醫院排名第52，及中醫大兒童醫院排名第99。台大兒醫院長李旺祚說，該院排名已從前年的16名，向上提升4名，力拼今年擠入10名內，分析台大兒醫與排名第1的南韓首爾國立大學醫院，編制與床數相當，主要差距在於研究經費，盼政府加強資源整合。
新聞周刊2024年起將病患對治療成果的評估納入專科醫院評比項目，本次評比分數計算，包括國際推薦占55%，又細分為同行對主要醫療領域評分，權重占7成，對次要醫療領域評分，權重占3成；其餘包括國內同行評分占30%，相關認證占10%，病患對治療成效的評估占5%，每家醫院依各項得分加權後，排出先後次序。
台大兒醫近期已收到新聞周刊寄送的排行證書，李旺祚說，該院在亞太兒童醫院排名往前進步，代表我國兒童醫療不比其他國家來得差，在亞太地區可謂扮演重要角色，也象徵政府近年對兒童醫療重視取得成果；他受教育部委託，分析各國兒童醫院發展情況，發現首爾國立大學兒童醫院編制、病床數與台大兒醫相似，「主要差別在南韓企業給予該院高額研究經費支持。」
李旺祚表示，南韓三星集團資助首爾國立大學醫院經費，每年可達上億元，除用於研究發展以外，也幫助病人減輕經濟負擔，例如該院兒童基因檢查全數減免，兒童醫療不只需要政府支持，企業資助也很重要，企業支持不足時，政府應給予更多幫忙，我國政府雖挹注資源用於兒童專責醫師、兒童發展篩檢等項目，但資源過於分散，建議應集中資源，才可望提升兒少醫療品質。
李旺祚說，我國兒童專責醫師涵蓋率僅約6成，周產期兒童照顧涵蓋率僅約8成，日、韓則已達100%，期待衛福部新成立的兒童及家庭支持署強化兒童醫療資源整合，串連目前分散的各項兒童醫療、預防醫學項目，提升服務涵蓋率，不僅可望提升國內醫院在國際評比中的排行，也有助改善我國新生兒死亡率一直高過日韓的現況。
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